Conflitos sangrentos, como o ocorrido em Suaiá Missú em dezembro de 2012, demonstram que índios e produtores rurais estão em lados opostos. Embora muitas vezes os fazendeiros pareçam ter declarado “guerra” contra a população indígena, o presidente da Famato, Rui Prado, garante que a culpa dos confrontos é da União, pois não indeniza os fazendeiros considerando o preço do mercado imobiliário. “Isso não é guerra entre índios e fazendeiros”, argumenta Rui Prado.Mato Grosso conta com 42.538 mil índios e possui extensão territorial de 903 mil km², sendo 12% destinados a reserva indígena. Mas, mesmo assim, ainda é comum haver conflito entre produtores e índios. Segundo a Famato, o percentual de reserva indígena pode chegar a 18% se outras 21 áreas forem regularizadas. Rui Prado argumenta que quando há ampliação de terras indígenas ocorre subtração de área de produção. Ele enfatiza que por traz das terras produtivas houve investimento do fazendeiro. “Estamos vivendo em um país com o regime capitalista. A União pode ampliar as áreas indígenas, mas que ela indenize o produtor. Se fizesse isso não haveria conflito porque o produtor pegaria o dinheiro e compraria uma área em outro local”.Além do confronto em Suiá-Missú, outro mais recente se deu em Apiacás, no Nortão. Produtores obtiveram liminar para suspender demarcação e ampliação da reserva. Uma decisão proferida em novembro de 2013 pelo ministro Luiz Fux, do Supremo, suspendeu a ampliação da área da terra indígena Kayabi até o julgamento do mérito da ação. Para Rui, não apenas a Funai deve ser responsável pelos processos relacionados aos índios. Observa que "somente a Funai e quem identifica essas necessidades dos índios, que diz o tamanho a ser ampliado, se há vestígios antropológicos de índios". "É uma arbitrariedade e não é possível aceitar isso em um regime democrático”. O ideal, enfatiza o presidente da Famato, seria que outras entidades fossem consultadas. Como exemplo ele cita prefeituras, Embrapa, Ministério do Meio Ambiente, produtores envolvidos e os índios. Ele ainda alega que só após a consulta ampliada é que deveria haver uma decisão.